На сегодняшний день биоразнообразию балки Каменный лог и прилегающих урочищ угрожают опасности, вызванные бытовой и коммерческой деятельностью человека.

В первую очередь – это весенние поджоги травы с целью «улучшить рост трав». Такой пожар уничтожает молодые и ослабляет (что приводит к болезням) взрослые деревья. После весеннего пала заметно уменьшается видовое разнообразие трав, например количество видов первоцветов в этот год может уменьшиться в 4 раза, заметно активней растут травы нарушенного почвенного покрова, т.н. «сорняки». Кроме того, в огне погибают муравьи и другие насекомые, ужи, безногие ящерицы веретеницы, горят свитые в кустах гнёзда птиц.

Создаваемые западней села Кошлаково свалки строительного мусора уродуют внешний вид балки, а пождог в мае 2010 года этой свалки привёл к возгаранию расположенного поблизости соснового бора.

В июне 2010 года неподалеку от места произрастания в единичном количестве редкого краснокнижного растения Горечавки крестовидной (Терлич-трава) обнаружена свалка куриных упаковок.

Также, как и повсеместно, отдыхающие «любители природы» нередко оставляют после себя стеклянные бутылки и пластиковую упаковку.

В балке находятся несколько пахотных полей, расположенных в основном вдоль русла пересохшего ручья, который вероятно был притоком реки Корень. Из-за распашки пойменных лугов, вырубки лесов, химизации сельского хозяйства и других факторов, происходит понижение грунтовых вод, пересыхание ручьёв и интенсивное обмеление реки Корень.

Всё вышеперечисленное говорит о необходимости принятия специальных мер для сохранения природной красоты и биоразнообразия местности.